关于这句经文的解释有很多种，我们需要谨慎地看一下。
1、这是耶稣和法利赛人尼哥底母的对话，彼此都是很熟悉旧约圣经的。约3:10耶稣说尼哥底母是以色列人的先生，也就是教师。
2、法利赛人通常觉得靠行为可以进神的国。路10:25-29；18:9-14；18-21；罗9:30-10:4。
3、耶稣的说法引起了法利赛人的诧异。约3:7。尼哥底母确实不明白为什么要重生以及什么是重生。约3:4,9.
4、约3:3和3:5是相近的意思，“见神的国”和“进神的国”是类似的。你不能进就无法见。
5、这里的“水”不像是指肉身的出生的羊水，因为6节说肉身生的是肉身，从灵生的就是灵。这里显然是指从神生的才能进神的国，而不是包括肉身所生的。
6、约1:13也提到神的儿女是从神生的，而不是从肉身生的。
7、来10:22提到我们的良心被洁净了，原来是有罪疚的，无法来到神面前，也是有罪的，不愿意侍奉神，现在因着耶稣基督的宝血所洒（彼前1：2；来9:14），被洁净和更新了，所以会来到神的面前侍奉神。如同动物的血洒在人身上，代表洁净和赦免（来9:13，19-22）。
8、民19章提到用母牛灰做成的除罪水洒在人的身上，可以达到洁净的果效。诗篇51：7也提到用牛膝草洁净来代表罪得赦免。结36:25提到水洒在人上面表达除去人的罪（耶33:8）。这和结36:26-27提到的重生是类似的概念。赛4：3-4也提到神用圣灵除去人的污秽。所以水的洁净指向给人新的生命的概念，和重生是紧密联系在一起的。
9、虽然约1:33；3:22都提到了水的洗礼，这里的“水”不像是指水所施行的洗礼，因为水洗不能决定一个人进神的国。这是外在的仪式，本质是一个人需要重生，需要相信主耶稣基督（约3:14-16）。如果一个人要经历水洗和圣灵重生才能进入神的国，就和前面3:3有矛盾了，也不符合新约其他地方的教导。有人说“从水生”代表水的洗礼，是修辞的用法，这样的说法从语法上说不通，因为“从水生”和“从圣灵生”是并行的和并列的，如果“从水生”是象征，指向水的洗礼，“从圣灵生”是否也是象征，指向别的东西呢？如果是，就违背了经文本来的意思，因为这里说“从水生和圣灵生”是进天国的前提，3:3,7节也说了重生或从圣灵生是进天国的前提。
10、有人认为“水”和“圣灵”是同一个意思，也就是说这里的“水”就是指“圣灵，”因为约7:38-39说有圣灵的人的腹中要流出活水的江河。不过这种说法可能性不大，因为流出活水的江河是指一个人因为信，因为有圣灵而得到饱足，如同撒玛利亚井边的谈话（约4:14；6:35），而不是指一个人属灵的出生。
11、有人认为“从水和圣灵生”是指圣灵的洗。这是值得商榷的。新约提到了圣灵的洗（baptism）、重生的洗（washing）：提多书3:5提到神救我们是借着重生的洗（washing3067）和圣灵的更新，6节提到圣灵是神借着耶稣基督厚厚浇灌在我们身上的，重生了我们。圣灵的洗是指圣灵如同水从上面浇灌下来（赛32：15；44:3；约珥书2:28-29），重生了我们，给了我们新的生命，让我们得到洁净，可以坦然无惧地来到神的面前。这里有圣灵的洗和更新。林前6:11也提到借着神的灵，我们已经被洗净了。圣灵的洗和重生高度相关，但不完全相同。圣灵的洗不仅带来重生，还带来与基督的联合（罗6:3-5；西2:12）。
12、有人说是指施洗约翰的悔改的洗礼，来说明尼哥底母必须悔改。这是有问题的。有圣灵的人才会真正悔改。从新约的用法来看，悔改和相信是在一起的或意思是相近的（可1：14-15；太11:20-27；路24:47；徒20:21；徒2:38；徒3:19；徒17：30；20:21；26:18），而在其他地方悔改也不会和圣灵的重生出现在一起。而且也不是每一个跟随耶稣的人都接受了施洗约翰的洗。被耶稣或他的门徒施洗的比施洗约翰的还多（约4:1）。
13、有人说这里的水是指神的道（弗5:26；彼前1:23）。这个说法的问题是弗5:26是用水的洗礼来表明信徒被洁净。而神的道是罪得洁净的途径，而不是重生的发起者或施行者。重生的施行者是圣灵。是圣灵借着神的道或福音重生了我们，而不是借着水。
总结：从上面的分析可以看到，约3:5的“从水和圣灵生的”应该是暗指结36:25-27，因为那里同时出现了水和圣灵的概念，都指向给人新的生命，这也是指弥赛亚来了以后发生的事情，和这里提到的情形是类似的，其他的解释都说不通。结36:25提到洒水指向除去罪和新的生命，后面也提到了圣灵给人新的生命，这样的意思是接近的。和约3:5同时提到从水和圣灵生的是最接近的。“从水生”代表我们罪被除去，但不是指圣灵的洗礼或水的洗礼。"从水生”和“从圣灵生”的意思是相近的，结果都是给人新的生命。这为后面约3:14-18所提到的“永生”提供了铺垫。这对于尼哥底母是震惊的，因为犹太人常常以为靠自己的身份和行为就能进天国。这也是为什么耶稣责备作为以色列人的先生尼哥底母，因为他熟悉旧约，包括以西结书等，应该明白人需要从水和圣灵生才能进神的国。而且“从水和圣灵生”只出现了这一次，其他都是指从圣灵生或重生，这也说明了“从水生”和“从圣灵生”不会有本质的区别，都是指向一个结果--给人新的生命。
还有一个总结就是：从内涵上讲，从水生和从灵生是类似的，前者侧重于除去罪（结36:25），后者侧重于圣灵的内住（结36:27上），都指向重生（约3:3,7），结果就是给人新的生命（结36:26,27下；约3:14-16）。没有这些，人都不能进神的国（约3:3,5）。圣灵的洗的内涵大于圣灵的生，圣灵的洗还包括与基督联合，水的洗礼象征了圣灵的洗，或者说水洗是用来表明一个人经历了圣灵的洗的外在仪式。
有人说耶稣平时说话都是简单直白的，不会用到旧约深奥的话语，所以不可能指旧约的经文。如何回应呢？
答：不是这样的。如果纵观约翰福音耶稣对旧约的应用，还有其他类似的案例。比如约1:51耶稣告诉门徒说他们将要看见天开了，神的使者上去下来在人子身上，就是暗指创28:12-13.