一个人加入教会的时候要经过入会课的学习，其中有关于教会的基本文件的学习，包括信仰告白、会友盟约、教会纪律、教会章程的核心部分等等，章程的十三条要求会友承诺顺服这些文件，在做测试题的时候，也会被问到是否同意这些文件，在填写入会申请表的时候也会再次被问到是否认可这些文件，当候选人表示认可这些的时候，才会被提交会友大会投票，投票通过之后才能成为教会的会友。
有的人可能在学习的时候，在表示认可的时候，没有认真思考过这些文件，或者当时认真思考了，也觉得认可，后来认真思考或重新思考之后又不认可了，或者曾经认可教会的立场，后来有不认可了，怎么办呢？【以下步骤仅限于不认可的阶段，如果实际上已经违背，已经触及教会纪律，则优先按照教会纪律处理】
1、需要尽快找教会的牧者进行沟通，或牧者发现后主动找这样的会友沟通。
2、一起查考不认可的地方，看是否能达成一致。给对方充分表达自己的观点以及圣经依据的机会，因为我们也可能有错。然后我们友好和对方切磋。看我们是否可以被圣经说服。如果我们错了，我们悔改，如果没有被对方的论证说法，是对方需要悔改。
3、如果该会友不愿意查考，或查考后依然坚持和本教会的文件不一样的观点，则问对方是否可以按照章程所说的愿意顺服，也就是顺服教会关于这些事情的决定，不会当面和背后说不一致的话（来13:17；太18:17；帖前5:12-13）。
4、如果对方不愿意，可以看对方不认可的地方是不是属于基本或原则性的问题，比如会友信仰告白的问题（其他问题需要各个教会自己认定），因为这是判断是否异端邪教的重要标准，如果对方的信仰已经偏离正统，需要劝告对方悔改，并且给与跟进，如果对方一直拒绝悔改，根据教会纪律手册来处理。比如会友盟约的问题，这是一个基督徒基本的要求，如果对方不认可，等于不愿意顺服主的要求，是需要悔改的。比如教会纪律的问题，这是关于罪以及挽回的基本问题，也是一个基督徒的基本责任，也是原则性的问题。当一个人对罪的定义不认可的时候，常常就是可能犯这样的罪的时候，这也是需要悔改的。如果对方不认可的属于基本或原则问题，且不能以圣经依据来说服我们，则是对方需要悔改，如果对方拒绝悔改，则可能会启动教会纪律程序。
5、如果对方不认可的问题属于非基本或非原则问题（并且还没有涉及罪和教会纪律的问题），比如对我们的会友制度的不认可（会友制是教会的定义在现今的最好应用，但是不等于每一个教会都必须有我们这样完善的制度，但是不等于对基督徒委身教会的不认可，因为基督徒委身教会是基本问题或原则问题），则可以已给与对方两个选择，一个是自己主动换教会，一个是如果对方选择不离开，依然是需要顺服的，而且不能传播和教会基本文件不一致的看法，否则最终会走教会纪律的程序。和对方商议什么时间可以给教会回复，好向会友们交代。
6、如果对方选择换教会，并且告知我们已经找到教会，则提交会友大会给其投票，祝福其离开。
有人问：为什么我们不能让立场改变的人离开，是不是太严了？
答：我们已经很松了。如同一个人和用人单位签署合同，是必须被履行的，无论你立场如何改变，是你自己的事，你依然需要履行合同，除非你可以和用人单位达成新的一致。神是守约的神，加入教会等于和弟兄姐妹立约，也是在神面前立约，我们当然要谨守遵行。上面给出的步骤是出于爱对方的缘故，也给对方透过圣经论证自己新的立场的机会，也给我们反思我们的立场是否有问题的机会，等于和对方重新上入会课有关的内容，已经是一种担当。如果教会的立场没有改变，则需要履行原有的教会文件。对于一些应用性的问题，比如会友制的具体执行方面，我们可以持有开放的态度。如果对方对于这些应用性的、非基本问题或非原则性的问题有不同意见而且申请离开（即，对方可以申请转会，但是仍然需要符其他的转会条件，比如必须找到一间信仰和本教会信仰告白类似的教会等等），我们是可以接受的，其他问题则是无法接受的。