首先，思想上的罪是难以界定的，除非对方承认。我们不能简单根据对方的一些表现，就推断对方的心里有这样或那样的罪，这是很危险的。比较好的方式是和对方确认。比如问“你心里一直在恨对方吗？”“你还有坚持要离婚吗？”。
其次，思想上的罪也是罪，而不是只有行为上的罪才是罪。耶稣曾说心里动淫念的，就是犯奸淫了（太5:27-28）。太12:34提到心里充满的就说出来。太15:19提到从心里发出来的，有各样的罪，包括奸淫和淫乱。太18:35提到心里不宽恕的罪。雅4:8下提到心怀二意的人要清洁自己的心。彼前2:11提到要禁戒不合神心意的欲望。创6:5提到地上的人终日思想的都是恶。
其三，出于爱对方的缘故，当我们知道对方一直有罪的念头的时候，我们应该去挽回对方。一方面是为了对方的成圣，一方面我们知道行为上的罪的影响更大。好比你看到你的脚要滑倒，你的身体会想办法把脚拉回来或调整姿态，而不是放任自己滑倒。若已知某信徒长期陷于内心的罪（如不宽恕、苦毒、仇恨、报复心、离婚或再婚的念头等等），牧者或了解的会友可按马太福音18:15的原则私下劝勉，可提供基于圣经的辅导。参考《教会纪律之挽回》。
其四，至于思想上的罪是否要走到教会纪律的最后一步（开除会籍），需要看具体的情况。一般来说，鉴于林前5:11；6:9-10；林后12:20-21；启9:20-21；21:8；22:15所提到的罪大都是行为（个别严重的罪未必需要等候行出来了才开除，比如一个人一直想杀人，一直在找机会，一直不悔改，我们不需要等到对方真正杀人了才处理，甚至提前就报警了）。所以一般来说，我们可以持续地挽回对方，直到对方有罪的行为之后再做最后的处理。如果对方在从事带领性质的侍奉，而且一直不悔改的话，在走完教会纪律第二步（带1-2个人挽回还不悔改）之后，则需要考虑暂停对方服侍一段时间，并告知有关人员（包括跟会友大会说明），否则对方容易觉得（这不是罪或这样的罪）无所谓，罪也容易带来迷惑，对方也需要时间和神恢复关系，会众知道的话也会受影响，因为已经不是一个好榜样。是否需要提交会友大会撤销对方的职分（正式的职分或预备的时候都算），则需要根据实际的罪的情况再定。